Как организовать раздельный учет по гособоронзаказу?

Добрый день! У нас автономное учреждение, УСН, оказываем услуги. Заключили гособоронзаказ. Подскажите, пожалуйста, как в нашем случае организовать раздельный учет: что он из себя представляет, какие документы надо дополнительно предусмотреть, учитывая, что в учетной политике для целей бухгалтерского и налогового учета ничего про данный учет не указано.